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凌晨六点十一分,地下工作室的ThinkPad发出一声短促的提示音。
钱解放从行军床上翻起来,拖鞋都没穿就蹿到操作台前。
屏幕上MinKNOW的实时面板显示:总产出17.2Gb,活跃孔数从开机时的1247降到了389——Flowcell快跑废了,但数据量已经远超预期。
小周揉着眼睛凑过来,敲了几行命令调出质控摘要。
「N50到了28kb,覆盖度大概十八倍。对一个草图来说,够了。」
钱解放盯着屏幕上密密麻麻的硷基统计表,一个字母都看不懂,但他认识那个绿色的进度条——跑满了。
「打电话。」
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小周拨通何建邦的号码,响了两声就接了。
何建邦显然也没睡。
「数据出来了?传给我。我这边伺服器开着。」
文件传输走的是K搭建的加密通道,四十分钟后,17.2Gb的原始数据完整落地到长湘医科大药学院的计算伺服器上。
何建邦的另一个博士生小陈负责组装,用的是Flye加两轮Medaka抛光,整个流程自动化脚本跑起来,预计下午三点前出结果。
罗明宇七点到医院,先上二楼ICU看了楚建国——血气分析正常,腹部软,引流管已经没什么东西出来了,胃管昨天夜里拔的,今早喝了半碗白粥没吐。
「拔完胃管多久了?」
「六个小时。」张波翻着护理记录。
「再观察一天。明天如果排气正常,转普通病房。」
张波在医嘱单上写的时候犹豫了一下:「楚太太昨天没来。」
「嗯。」
「今天也没来。」
罗明宇没接话。
陈芸从银泰中心回来之后再没出现过,楚建国清醒后问了一次老婆在哪,张波说出去办事了。
这个谎不知道还能撑几天。
护士站的牛奶和橘子照旧放着。
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上午九点半,门诊。
第三个号是个四十出头的计程车司机,右肩疼了三个月,举不过头顶。
在市中医院拍过片子,骨头没事,诊断肩周炎,吃了两盒布洛芬,贴了十几张膏药,没用。
罗明宇让他把衣服脱了,右肩外展到六十度就上不去了,再往上顶就疼得龇牙咧嘴。
但被动活动的时候,角度能到一百四。
不是肩周炎。
肩周炎的特徵是主动被动都受限,叫「冻结肩」。
这个人被动活动没问题,说明关节囊没粘连,问题出在肌腱。
罗明宇让他做了个空罐试验——大拇指朝下丶手臂前举抵抗阻力。
司机脸上疼出汗。
冈上肌腱炎,大概率有部分撕裂。
「做个肩关节核磁。」
司机脸上的表情变了。「核磁多少钱?」
「四百多。」
「能不能先不做?我就想开点药——」
「药治不了这个。你的肌腱可能撕了一部分,不确认程度,后面治疗方向就是瞎蒙。」
司机搓了半天手。
「罗大夫,我跑一天车流水也就三四百……」
罗明宇抬头看了他一眼。
这双手指关节粗大丶虎口有厚茧,方向盘握出来的。
「你先去做。回头拿片子来找我,我给你想办法。」
司机走了之后,张波在旁边嘀咕了一句:「又一个。」
「又一个什么?」
「又一个你要想办法的。」
罗明宇没理他,叫下一个号。
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下午两点十七分,何建邦打来电话。
「组装出来了。」
罗明宇正在给一个慢阻肺老太太写处方,笔停在纸上。
「基因组总长估计九亿三千万硷基对,比预期大。ScaffoldN50到了1.2Mb,连续性很好。」何建邦的声音里藏着兴奋,但压着。「重点是——BUSCO完整度88.4%,对一个nanopore草图来说已经是上乘水平了。」
「那个未知峰的基因簇呢?」
「还在注释。二萜合成途径的关键酶CYP450基因家族扩张很明显,比近缘种乌头多出七个拷贝。其中有三个序列跟已知的任何乌头硷合成基因都对不上——很可能就是那个新化合物的合成基因簇。」
「来得及写进预印本吗?」
「来得及。摘要和方法我已经写好了,结果部分现在补,今晚之前能定稿。作者就按你说的——我第一兼通讯,小周和小陈并列第二,红桥列在致谢。序列数据同步提交GenBank。」
「bioRxiv上传需要几个小时?」
「提交到DOI生效,通常四到六个小时。如果今晚十点之前提交,明天凌晨就能在线可查。」
罗明宇挂了电话,把处方写完递给老太太,叮嘱了用药注意事项。
转头给孙立发消息:今晚十点之前,可能有个好消息。
孙立秒回:啥好消息?发奖金?
罗明宇没回。
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下午四点,计程车司机拿着核磁片子回来了。
T2加权像上冈上肌腱信号增高,腱内可见一条约八毫米的不连续线——部分撕裂,没断透,还有保守治疗的机会。
「好消息,没断完。」罗明宇把片子卡在灯箱上。「坏消息,不休息的话会断完。」
「不开车吃什么……」
罗明宇在脑子里过了一遍方案。
冈上肌腱部分撕裂,西医标准治疗是PRP注射加康复训练,一针PRP自费一千五到三千,打三针,加上康复费用总共小一万。
「我给你扎针,配合外敷膏药和康复训练。不打PRP。」
「扎针管用吗?」
「冈上肌腱走的是手太阳小肠经循行区域,对应穴位是肩贞丶臑俞丶天宗。电针刺激可以改善腱内微循环,促进胶原修复——」他看到司机的表情已经迷糊了,换了个说法。「管用。一周两次,来六次看效果。」
「多少钱一次?」
罗明宇翻了一下收费标准。
红桥的针灸收费是省物价局核定的,普通针灸一次38元,电针加20元。
「五十八块。六次三百四十八。」
司机的眼睛瞪圆了。「这么便宜?」
「就这个价。但你必须配合——回家每天做钟摆运动和毛巾爬墙练习,我画给你。做不到的话扎多少针都白搭。」
罗明宇在A4纸上画了两个火柴人示意图,标注了动作要领和每天的次数。
画得很丑,司机看了半天。
「罗大夫,你这画画水平……」
「挂号看病不是来评价我画画的。明天下午两点来扎第一次,找康复科李师傅给你评估一下肩胛骨活动度。」
司机捏着那张画走了,走到门口回头说了句:「我帮你在车上贴个GG行不行?」
「不行。赶紧走。」
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晚上九点四十七分。
何建邦的邮件到了。
附件是论文定稿PDF和GenBank提交确认页的截图——accessionnumber已经分配,序列数据正在审核队列中。
bioRxiv的提交页面打开着,何建邦在微信上发来最后确认:「作者丶摘要丶正文丶supplementarydata全部上传完毕。点submit?」
罗明宇回了一个字:点。
九点五十一分,bioRxiv提交成功,系统返回临时DOI编号。
状态栏显示:Processing—estimatedtimetoposting:4-6hours。
罗明宇截了个图发给K。
K回覆:「沈冬明今晚在银泰中心没出去。十点半王芳从怀化回来了,坐高铁到的长湘南站。她手里提了一个泡沫保温箱。」
采了样回来了。
但晚了半步。
罗明宇关掉手机,去值班室躺下。
明天凌晨,金线附子的全基因组序列就会出现在全世界任何一台能联网的电脑上。
沈冬明测出来的数据,和bioRxiv上公开的数据一比对——百分之九十九以上的一致性。
他没法否认这是同一个物种,也没法否认红桥的优先权。
想申请专利?请先解释一下为什么你的测序样本和已发表的模式标本基因组一模一样。
罗明宇翻了个身。
摺叠床的弹簧吱呀响了一声。
明天还有半天门诊。
计程车司机下午两点来扎针。
刘桂兰的腹水培养结果应该出了。
何秀兰术后第三天该下地了。
他闭上眼。
这次花了五分钟才睡着——比平时多了两分钟。